Viện Kiểm sát Nhân dân (VKSND) tỉnh Lào Cai cáo buộc ông Nguyễn Văn Vịnh ký các văn bản trái pháp luật, tạo điều kiện cho 2 công ty khai thác và tiêu thụ quặng trái phép
7 người ở Công ty Apatit Việt Nam gồm Nguyễn Quang Huy, cựu Tổng giám đốc; Phạm Cao Khiêm, cựu Phó tổng giám đốc; Nguyễn Ngọc Bích, cựu Chủ tịch hội đồng thành viên… bị truy tố tội "Vi phạm quy định về nghiên cứu, thăm dò, khai thác tài nguyên". Riêng Nguyễn Mạnh Thừa, Giám đốc Công ty Lilama, bị truy tố 2 tội là "Rửa tiền" và "Vi phạm quy định về nghiên cứu, thăm dò, khai thác tài nguyên".
Hồ sơ thể hiện năm 2009, Công ty Lilama được UBND tỉnh Lào Cai cấp giấy chứng nhận để thực hiện dự án đầu tư xây dựng khách sạn, nhà hàng tại thôn 2, xã Đồng Tuyển, TP Lào Cai, tỉnh Lào Cai, trên phần diện tích đất 3,77 ha. Do có một phần diện tích trùng với dự án thuộc quy hoạch quặng apatit nên UBND tỉnh đã thu hồi giấy chứng nhận khu đất nêu trên giao cho Công ty Apatit Việt Nam quản lý, sử dụng.
Sau đó, Công ty Apatit Việt Nam thuê Công ty Lilama khai thác được hơn 167.000 tấn quặng. Đến tháng 5/2012, Công ty Lilama đã có văn bản gửi UBND tỉnh Lào Cai, đề nghị giao lại diện tích đất 3,77 ha và cấp lại giấy chứng nhận đầu tư dự án nhà hàng, khách sạn rồi được đồng ý.
Đến tháng 5/2013, UBND tỉnh Lào Cai tiếp tục có văn bản thể hiện "Nếu kết quả phân tích có phát hiện quặng (kể cả quặng nghèo), giao cho Công ty Lilama thu gom, thỏa thuận, thống nhất với Công ty Apatit Việt Nam để tập kết, quản lý, sử dụng theo quy định pháp luật". Tuy nhiên, sau đó giám đốc Công ty Lilama Nguyễn Mạnh Thừa chỉ đạo nhân viên thuê các đơn vị khác đưa máy móc vào khu đất để khai thác quặng trái phép. Quặng khai thác được, Công ty Lilama bán lại cho Công ty Apatit Việt Nam, Công ty Phốt pho Vàng Việt Nam và Công ty Cổ phần Hóa chất Đức Giang Lào Cai.
Cơ quan tố tụng cáo buộc, Công ty Lilama đã thực hiện khai thác trái phép và tiêu thụ hơn 1,5 triệu tấn, trị giá hơn 610 tỷ đồng. Từ những sai phạm nêu trên, Công ty Lilama thu về hơn 484 tỷ đồng, thu lời số tiền hơn 171 tỷ đồng; Công ty Apatit Việt Nam cũng hưởng lợi hơn 184 tỷ đồng.
Cáo trạng mới ban hành đánh giá 2 bị can Nguyễn Văn Vịnh, Doãn Văn Hưởng cùng các bị can nhóm thuộc cựu cán bộ lãnh đạo tỉnh Lào Cai từ năm 2011 đến năm 2015 biết rõ diện tích 3,77 ha tại thôn 2, xã Đồng Tuyển đã được Bộ Công Thương phê duyệt quy hoạch quặng Apatit tại Quyết định số 28 ngày 18/8/2008 và thẩm quyền cấp phép khai thác khoáng sản của Bộ TN-MT. Tuy nhiên, các bị can đã lợi dụng chức vụ quyền hạn của mình làm trái công vụ, ký các văn bản, giấy chứng nhận đầu tư trái quy định của pháp luật để cấp 3,77 ha đất cho Công ty Lilama xây dựng dự án khách sạn, nhà hàng.
Bị can Nguyễn Văn Vịnh với cương vị là phó chủ tịch và chủ tịch UBND tỉnh Lào Cai trong giai đoạn từ 2012 đến 2015 là người chịu trách nhiệm quản lý toàn diện các hoạt động của UBND tỉnh. Người này trực tiếp chỉ đạo, điều hành công tác quy hoạch, kế hoạch phát triển kinh tế - xã hội và chủ trương đầu tư, cấp giấy chứng nhận đầu tư các dự án.
Trong quá trình thực thi công vụ được giao, bị can đã không thực hiện đúng các quy định của pháp luật, ký các văn bản và có ý kiến bút phê, chỉ đạo vào các tài liệu khác có liên quan. Từ đó, để Công ty Lilama và Công ty Apatit Việt Nam lợi dụng khai thác và tiêu thụ trái phép khoáng sản.
Với bị can Doãn Văn Hưởng, trên cương vị là phó chủ tịch thường trực UBND tỉnh, chủ tịch UBND tỉnh, người này đã không thực hiện đúng các quy định của pháp luật trong công tác quản lý, bảo vệ tài nguyên, khoáng sản trên địa bàn tỉnh. Bị can đã có những văn bản, bút phê tạo điều kiện cho Công ty Lilama và Công ty Apatit Việt Nam khai thác, tiêu thụ trái phép khoáng sản.